Под давлением уличного парламента власть окончательно перешла к вооруженным силам во главе с Сухарто, которому Сукарно, оказавшийся под домашним арестом, поручил принять функции главы исполнительной власти. 12 марта 1966 вновь образованное правительство наложило запрет на деятельность КПИ. Были арестованы большинство министров кабинета Сукарно, обвиненных в причастности к «Движению 30 сентября», и проведена «чистка» парламента. Сессия Временного народного консультативного конгресса (ВНКК), собравшаяся в июне 1966 без представителей от КПИ и левого крыла НПИ, упразднила титул пожизненного президента, подчеркнув его подотчетность Конгрессу, а также юридически оформила передачу Сухарто функций исполнительной власти, закрепив за ним чрезвычайные полномочия. Предпринятая в конце 1966 попытка вернуть Сукарно к власти провалилась. Чрезвычайная сессия ВНКК, собравшаяся 12 марта 1967, лишила Сукарно всех полномочий и назначила Сухарто и.о. президента.

Спустя год, 27 марта 1968, ВНКК избрал Сухарто президентом Индонезии, сохранив за ним все чрезвычайные полномочия.Генерал Сухарто — сын простого яванского фермера, начавший свою политическую карьеру в партизанских отрядах. За время его правления в процессе «наведения порядка» было казнено и погибло в погромах по разным оценкам от 250 до 500 тысяч «коммунистов» и китайцев.

Сухарто подверг жестким ограничениям деятельность политических партий, создав при этом льготные условия для своей собственной политической организации – Голкар, объединявшей государственных служащих, людей творческих профессий, кадровых военных и различные «функциональные группы».

В ноябре 1968 был принят Закон о выборах, по которому военные получили 22% мест в парламенте и 33% в НКК в качестве условия отказа от участия в избирательном процессе. На первых выборах в парламент и местные органы власти, состоявшихся под контролем армии в июле 1971, Голкар легко опередила оппозицию и на протяжении следующих 20 лет продолжала лидировать в частично избираемых органах государственной власти.

Правда, в отдельных регионах страны успеха время от времени добивалась какая-нибудь из двух официально разрешенных оппозиционных партий. Народный консультативный конгресс – высший орган законодательной власти, в котором преобладал Голкар, – переизбирал Сухарто на пост президента в 1973, 1978, 1983, 1988 и 1993.

При Сухарто военные распространили свое влияние на всю политико-административную структуру государства и приняли самое активное участие в экономическом развитии страны. Такое положение было узаконено концепцией двойной функции вооруженных сил, согласно которой армия несет ответственность не только за внутреннюю безопасность и национальную оборону, но и практически за все социально-политические сферы жизни государства.

Сухарто переориентировал Индонезию на тесное взаимодействие с некоммунистическими странами (отношения с Китайской Народной Республикой оставались «замороженными» вплоть до 1990), избегая официального вступления в военно-политические союзы. Сухарто прекратил (11 августа 1966) конфронтацию с Малайзией, вернул Индонезию в ООН, активно добивался притока иностранных капиталовложений. Назначенные Сухарто и прошедшие подготовку в США индонезийские экономисты смогли стабилизировать национальную экономику благодаря содействию Международного валютного фонда (МВФ) и Всемирного банка.

Оздоровлению экономики Индонезии способствовал нефтяной бум, начавшийся в конце 1960-х годов. Монополизировав нефтяную промышленность, правительство Сухарто сумело не только поднять оклады начальникам и военным, но и направило значительные средства на развитие социальной и экономической инфраструктуры государства, а также на осуществление программ развития, прежде всего в области сельского хозяйства.

Все эти шаги центрального правительства способствовали росту его влияния в этнически разнородных и разбросанных по архипелагу регионах. Введение Сухарто единых общеобразовательных программ на государственном языке бахаса индонесиа ускорило процесс централизации.

В школах и контролируемых государством средствах массовой информации проводилась мысль о национальной идентичности индонезийцев и особом национальном мировоззрении – панча шила, или пяти основных принципах – религиозности, демократии, национализме, гуманизме и социальной справедливости. Национальная философия Панча шила предполагает единого Бога и гарантирует свободу исповедовать любую религию.

Вместе с тем внутри правящей элиты наблюдались разногласия как по вопросам внешнеэкономического курса, так и роли военных в обществе. Недовольство своим положением в системе «нового порядка» регулярно выражали и политические партии. Но наибольшую опасность для Сухарто представляло социально-экономическое неравенство и коррупция, поразившая общественную верхушку.

Первое крупное антиправительственное выступление произошло в Бандунге 5 августа 1973 и носило антикитайский характер. Несмотря на то, что оно было подавлено, с этого момента в стране развернулось студенческое движение протеста. Новые демонстрации студентов, недовольных засильем армии, коррупцией и нарушением прав человека, прошли в конце 1973 – начале 1974. Однако наиболее мощные протесты выплеснулись на улицы Джакарты 15 января 1974 в связи с визитом в страну премьер-министра Японии. В этих выступлениях участвовало до 500 тыс. человек.

Неспокойной была ситуация на окаринах государства. Негодование по поводу установления правления Явы в Ириан-Джая (на о.Новая Гвинея), где коренное население в этническом отношении никак не связано с большей частью индонезийцев, послужило причиной восстания, которое вспыхнуло в 1960-е и продолжалось в 1990-е годы. Сказалось также то обстоятельство, что крупномасштабные разработки полезных ископаемых и лесозаготовки, не говоря уже об организованном правительством перемещении поселенцев с Явы, нарушали традиционный образ жизни обитателей острова.

После распада португальской колониальной империи войска Сухарто в 1975 захватили восточную часть о.Тимор, западная половина которого ранее принадлежала Индонезии. Несмотря на возражение Португалии и осуждение ООН, Восточный Тимор был официально аннексирован в 1976. К 1993, несмотря на голод и значительное число жертв среди населения Восточного Тимора, индонезийская армия так и не сумела подавить вооруженного сопротивления населения острова. Между тем ООН продолжала считать эту территорию протекторатом Португалии, а некоторые государства Запада приостановили или сократили оказываемую Индонезии экономическую помощь в знак протеста против захвата Восточного Тимора.

В Индонезии имеются и другие регионы, например Аче, в которых политика властей периодически приводит к вооруженному сопротивлению. В 1989–1992 индонезийская армия провела кампанию против Движения за свободный Ачех, в результате которой погибли тысячи местных жителей.

Когда Сухарто вступил на пост президента в 1968, Индонезия была одной из беднейших стран мира. Тогда, по оценкам Всемирного банка, 60% индонезийцев (или ок. 70 млн. человек) жили в абсолютной нищете. В связи с экономическим ростом в последующие 25 лет, достигнутым в определенной степени благодаря выполнению заданий пятилетних планов (репелитас), беднейшие слои общества вышли из состояния крайней нищеты. За этот период наполовину уменьшилась детская смертность. К началу 1990-х годов Индонезия располагала одной из наиболее эффективных в Азии программ контроля за рождаемостью.

Общее повышение уровня благосостояния и углубление процесса урбанизации привели к увеличению численности студенчества, интеллигенции и круга лиц, вовлеченных в частный бизнес. Среди наиболее решительных критиков Сухарто можно было встретить отставных военных.

Помимо неравенства в распределении доходов и коррупции чиновников, индонезийцев волновало отсутствие открытых политических дебатов и честной предвыборной борьбы. Оппоненты власти осуждали также бесконтрольное разрушение природной среды компаниями по заготовке леса и добыче полезных ископаемых, предприятиями агробизнеса и промышленными концернами.

Не одобрялись оппозицией многочисленные официальные ограничения, которые были навязаны торговле, инвестиционной практике и другим видам экономической деятельности, и, наконец, постоянное чрезмерное вмешательство армии во внутреннюю политику государства.

Экономический кризис, охвативший Восточную и Юго-Восточную Азию в 1997–1998, привел к тяжелым последствиям в Индонезии. Пока правительство Сухарто вело переговоры с МВФ о Резкий экономический спад и падение рупии (с августа 1997 по февраль 1998 ее ценность девальвировалась на 80%) с последовавшим затем ростом цен на продовольствие, топливо и товары первой необходимости затронули всех индонезийцев, как низшие, так и средние слои общества, как горожан, так и деревенских жителей. Безработица выросла на 4 млн. человека. В некоторых местах, как Ириан-Джайя, из-за засухи начался голод. В феврале 1998 ухудшение положения спровоцировало первые выступления, направленные в основном против представителей китайской общины.

Хотя Сухарто сумел организовать президентские выборы в марте 1998 таким образом, чтобы сохранить за собой высший пост в государстве, предотвратить формирование широкой антиправительственной коалиции ему не удалось. Переизбрание Сухарто президентом на 7-й срок было встречено массовыми студенческими демонстрациями. По всей стране начались студенческие выступления, продолжавшиеся несколько месяцев.

Транш МВФ в начале мая не смог стабилизировать ситуацию, а дальнейшие урезание субсидий немедленно привело к увеличению цен на топливо. Спустя два месяца после выборов начались студенческие выступления, вылившиеся в трехдневные беспорядки после того, как войска открыли огонь и убили нескольких студентов университета, участвовавших в мирной демонстрации. По всей стране начались погромы и массовые грабежи, сопровождавшиеся поджогами. Вооруженные силы оказались неготовыми подавить столь масштабные выступления. За несколько дней противостояния, по оценкам экспертов, погибло до 12 тысяч человек.

Сухарто был вынужден уйти в отставку. 21 мая 1998 президентом Индонезии стал Бахаруддин Юсуф Хабиби, занимавший пост вице-президента.