30 сентября 1965 ряд недовольных армейских офицеров и придерживавшихся левых взглядов офицеров ВВС предприняли попытку государственного переворота. Восстание было подавлено генерал-майором Сухарто. В случившемся он обвинил Коммунистическую партию (некоторые из членов КПИ действительно принимали участие в заговоре). Сукарно сохранил пост президента, однако был вынужден передать власть кабинету министров. Была проведена чистка государственного аппарата, сопровождавшаяся увольнением всех представителей левого движения. Около 700 тыс. индонезийцев, заподозренных в принадлежности к КПИ, были безжалостно уничтожены военными, еще примерно 100 тыс. человек помещены в специальные лагеря.

В 1966 власть окончательно перешла к вооруженным силам во главе с Сухарто. Вновь образованное правительство наложило запрет на деятельность КПИ. В 1967 Сухарто лишил Сукарно всех полномочий, а в следующем году занял пост президента. Сухарто подверг жестким ограничениям деятельность политических партий, создав при этом льготные условия для своей собственной политической организации – Голкар, объединявшей государственных служащих, людей творческих профессий, кадровых военных и различные «функциональные группы». На первых выборах, состоявшихся в 1971, Голкар легко опередила оппозицию и на протяжении следующих 20 лет продолжала лидировать в частично избираемых органах государственной власти. Правда, в отдельных регионах страны успеха время от времени добивалась какая-нибудь из двух официально разрешенных оппозиционных партий. Народный консультативный конгресс – высший орган законодательной власти, в котором преобладал Голкар, – переизбирал Сухарто на пост президента в 1973, 1978, 1983, 1988 и 1993.

При Сухарто военные распространили свое влияние на всю политико-административную структуру государства и приняли самое активное участие в экономическом развитии страны. Такое положение было узаконено концепцией двойной функции вооруженных сил, согласно которой армия несет ответственность не только за внутреннюю безопасность и национальную оборону, но и практически за все социально-политические сферы жизни государства.

Сухарто переориентировал Индонезию на тесное взаимодействие с некоммунистическими странами (отношения с Китайской Народной Республикой оставались «замороженными» вплоть до 1990), избегая официального вступления в военно-политические союзы. Сухарто прекратил конфронтацию с Малайзией, вернул Индонезию в ООН, активно добивался притока иностранных капиталовложений. Назначенные Сухарто и прошедшие подготовку в США индонезийские экономисты смогли стабилизировать национальную экономику благодаря содействию Международного валютного фонда (МВФ) и Всемирного банка.

Оздоровлению экономики Индонезии способствовал нефтяной бум, начавшийся в конце 1960-х годов. Монополизировав нефтяную промышленность, правительство Сухарто сумело не только поднять оклады начальникам и военным, но и направило значительные средства на развитие социальной и экономической инфраструктуры государства, а также на осуществление программ развития, прежде всего в области сельского хозяйства. Все эти шаги центрального правительства способствовали росту его влияния в этнически разнородных и разбросанных по архипелагу регионах. Введение Сухарто единых общеобразовательных программ на государственном языке бахаса индонесиа ускорило процесс централизации. В школах и контролируемых государством средствах массовой информации проводилась мысль о национальной идентичности индонезийцев и особом национальном мировоззрении – «панча сила», или пяти основных принципах – религиозности, демократии, национализме, гуманизме и социальной справедливости.

После распада португальской колониальной империи войска Сухарто в 1975 захватили восточную часть о.Тимор, западная половина которого ранее принадлежала Индонезии. Восточный Тимор был официально аннексирован в 1976, но многие его жители по-прежнему активно выступают против индонезийского правления. К 1993, несмотря на голод и значительное число жертв среди населения Восточного Тимора, индонезийская армия так и не сумела подавить вооруженного сопротивления населения острова. Между тем ООН продолжала считать эту территорию протекторатом Португалии, а некоторые государства Запада приостановили или сократили оказываемую Индонезии экономическую помощь в знак протеста против захвата Восточного Тимора.

Аналогичным образом негодование по поводу установления правления Явы в Ириан-Джая (на о.Новая Гвинея), где коренное население в этническом отношении никак не связано с большей частью индонезийцев, послужило причиной восстания, которое вспыхнуло в 1970-е и продолжалось в 1990-е годы. Сказалось также то обстоятельство, что крупномасштабные разработки полезных ископаемых и лесозаготовки, не говоря уже об организованном правительством перемещении поселенцев с Явы, нарушали традиционный образ жизни обитателей острова. В Индонезии имеются и другие регионы, например Аче, в которых политика властей периодически приводит к вооруженному сопротивлению. В 1989–1992 индонезийская армия провела кампанию против Движения за свободу Аче, в результате которой погибли тысячи местных жителей.

Когда Сухарто вступил на пост президента в 1968, Индонезия была одной из беднейших стран мира. Тогда, по оценкам Всемирного банка, 60% индонезийцев (или ок. 70 млн. человек) жили в абсолютной нищете. В связи с экономическим ростом в последующие 25 лет, достигнутым в определенной степени благодаря выполнению заданий пятилетних планов (репелитас), беднейшие слои общества вышли из состояния крайней нищеты. За этот период наполовину уменьшилась детская смертность. К началу 1990-х годов Индонезия располагала одной из наиболее эффективных в Азии программ контроля за рождаемостью.

Общее повышение уровня благосостояния и углубление процесса урбанизации привели к увеличению численности студенчества, интеллигенции и круга лиц, вовлеченных в частный бизнес. Среди наиболее решительных критиков Сухарто можно было встретить отставных военных. Помимо неравенства в распределении доходов и коррупции чиновников, индонезийцев волновало отсутствие открытых политических дебатов и честной предвыборной борьбы. Оппоненты власти осуждали также бесконтрольное разрушение природной среды компаниями по заготовке леса и добыче полезных ископаемых, предприятиями агробизнеса и промышленными концернами. Не одобрялись оппозицией многочисленные официальные ограничения, которые были навязаны торговле, инвестиционной практике и другим видам экономической деятельности, и, наконец, постоянное чрезмерное вмешательство армии во внутреннюю политику государства.

Экономический кризис, охвативший Восточную и Юго-Восточную Азию в 1997–1998, привел к тяжелым последствиям в Индонезии. Резкий экономический спад затронул всех индонезийцев, как низшие, так и средние слои общества, как горожан, так и деревенских жителей. Хотя Сухарто сумел организовать президентские выборы в марте 1998 таким образом, чтобы сохранить за собой высший пост в государстве, предотвратить формирование широкой антиправительственной коалиции ему не удалось. Спустя два месяца после выборов начались студенческие выступления, вылившиеся в трехдневные беспорядки после того, как войска открыли огонь и убили четырех студентов университета. Сухарто был вынужден уйти в отставку. 21 мая 1998 президентом Индонезии стал Б.Ю.Хабиби, занимавший пост вице-президента.

В октябре 1999 состоялись президентские выборы. В качестве основных кандидатов были выдвинуты Абдуррахман Вахид (лидер Партии национального возрождения) и Мегавата Сукарнопутри. Победил Абдуррахман Вахид, набравший 373 голоса, Мегавата получила 313 голосов и стала вице-президентом.